El CICOLMA es de gran relevancia biológica ya que:

• Concentra una gran cantidad de especies, muchas son endémicas o están amenazadas
• En un área relativamente pequeña coexisten diversos ecosistemas terrestres (selvas, matorrales, pastizales, vegetación de dunas costeras), acuáticos (manglares, humedales, laguna costera) y marinos (arrecifes de coral, playa). 
• Funciona como corredor biológico para especies de aves. 
• Las dunas de San Isidro, La Mancha junto con las de los municipios de Úrsulo Galván y La Antigua, representan el sistema de mayor importancia del país contando con dunas móviles y estabilizadas que contribuyen al depósito natural de arena que es de suma importancia para la dinámica de ecosistemas costeros. 

El CICOLMA cuenta con varias denominaciones de conservación:

• Región Terrestre Prioritaria de CONABIO. RTP 123: Dunas costeras del centro de Veracruz. La denominación como RTP es debida a la presencia de dunas costeras; la diversidad de especies; la presencia de especies endémicas de dunas costeras del Golfo de México y de Veracruz; su papel como corredor biológico y la presencia de especies amenazadas. 
• Región Marina Prioritaria de CONABIO 49: Laguna Verde-Antón Lizardo. La denominación como RMP es debida a la presencia de arrecifes, vegetación de humedales, marismas y esteros. 
• AICA 149 Centro de Investigaciones Costeras CICOLMA. En este caso se tienen registradas 279 especies de aves, muchas de ellas consideradas como vulnerables. 
• La Mancha Mex-LTER – México.- Establecida en 1990. Denominada por los estudios a largo plazo que se desarrollan en los ecosistemas costeros de la estación: lagunas costeras, manglares, y dunas costeras. 
• El CICOLMA forma parte del Sitio Ramsar 1336 La Mancha-El Llano decretado el 28 de enero del 2005. La denominación como sitio Ramsar se debe a la alta diversidad de especies de flora y fauna; a la presencia de los últimos relictos de selva desarrollada sobre suelos arenosos. Finalmente, es prioritaria debido a que se localiza en la ruta de aves migratorias rapaces más importante a nivel mundial, pudiéndose observar hasta 5 millones de aves rapaces por época de migración. 
• En noviembre del 2016 se decretó el área natural protegida (ANP) “Dunas de San Isidro", al sur del CICOLMA, con el objetivo de proteger y conservar los procesos y la dinámica de la costa, preservar los recursos biológicos y los servicios ambientales (como la protección contra tormentas) que nos brinda el sistema y fomentar la educación ambiental y de investigación. Se considera que es una zona clave para la conservación de las comunidades de especies y las características del ecosistema.