En el año 1940 el señor Enedino Hernández compró el terreno que hoy ocupa la estación, el cual, en sus inicios, servía como hotel y restaurante conocido como El Paraíso. Durante 1974 el hotel se ocupó como casa de retiro espiritual para monjas y un año después por órdenes del gobernador Rafael Hernández Ochoa, el terreno del hotel y 48 has más son donadas al Instituto de Investigaciones sobre Recursos Bióticos. A.C. (INIREB), a cargo del doctor Arturo Gómez Pompa, con lo cual se formó la Estación de Investigaciones sobre Recursos Bióticos, El Morro de La Mancha. 

Durante los primeros años se formaron diferentes líneas de trabajo: investigaciones sobre la conservación de comunidades costeras, reconocimientos de especies de flora y fauna, actividades relacionadas con la enseñanza y divulgación de los recursos y comunidades bióticas, y además se inician importantes proyectos de ecología de la vegetación de dunas costeras. En 1981 se incorpora el programa Bio-Aqua a cargo del doctor Héctor Luis Morales, promoviendo actividades acuícolas. Años más tarde con la reconstrucción del INIREB al programa Bio-Aqua se traslada al centro INIREB-Tabasco.  En 1984 se nombra encargado al ingeniero Álvaro Soberantes de la estación Biológica de La Mancha y se creó una nueva línea de investigación enfocada en el desarrollo de proyectos para el mejoramiento de suelos con la introducción de cultivos de cobertura, abonos verdes y leguminosas fijadoras de nitrógeno. 

A principios de los años 70's, la Comisión Federal de Electricidad encarga al Dr. Gonzalo Halfter los estudios biológicos preoperacionales necesarios para que la Comisión Internacional de Energía Atómica autorizara la construcción de la central nucleoeléctrica de Laguna Verde. De estos estudios surge la idea de crear la Estación y el área protegida de la Mancha, que es fuertemente apoyada por el Gobierno del Estado. En una primera etapa (1977 a 1988), la estación inicia su funcionamiento como parte del Instituto de Investigaciones sobre Recursos Bióticos, A.C. (INIREB). Al trasladarse el Instituto de Ecologia, A.C. a Xalapa en 1990, la Estación entra en una nueva época bajo la dirección del Dr. Gonzalo Halffter y es durante la dirección del Dr. Sergio Guevara que se funda el Centro de Investigaciones Costeras La Mancha (CICOLMA).